1. Как обеспечить скрытное присутствие хенди в системе, т.е. отсутствие всякого интерфейса и по возможности всякой графической активности.
В настройках HC есть пункты "Прятать при старте" и "Прятать значок в трее". Обычный пользователь не увидит графической активности HC.
С каким ключом запускать хенди в качестве сервиса или службы там, не знаю.
Это пока не реализовано, только обходными путями.
2. Как удаленно завершить процесс хендикеш?
HCCmd.exe exit
3. И можно ли прописать в настройках доступа такой диапазон ИП: 91.125.*
В текущей версии нельзя из-за ошибки, в следующей - опять будет можно.