Чищу кеш. Каталоги, выбираемые по настройкам, выбираются и удаляются нормально.
Отмечаю кандидатов на удаление в левом ряду чекбоксов, нажимаю "Удалить" - очищается весь список.
Нажимаю "Запустить" - список восстанавливается как был.
Версия - 1.0.0.470.

И чтобы 2 раза не вставать - при запуске принудительно включаются серверы-посредники через Lua.

Я о том, что в нижней части картинки.
Галки снимаю - все работает.
Комп включаю - они снова на месте.

Заработало. Спасибо.