Сходил я по Вашей 'ссылке', так и не понял про NTLM. Не знаю сменили у вас что-то или нет, одно могу сказать Вам точно: HC NTLM не поддерживает.
Во тв прокосмтроне была галочка bypass, можнт быть неплохо бы и в HC сделать такой фильтр, URL'ов которые не кэшируются, а мгновенно идут без обработки?
Есть Белый список, в нем можно отключить любой список или сразу все.
При этом в логе HC это соединение видно не как виясящее (типа CONNECT у асек), а как давно отработанное.
Похоже то про что Вы пишете - это монитор. А чтобы лог был, надо нажать кнопку Вести лог, тогда больше информации будет.
Т.е. такое ощущение что льву (Git'y) в https-режиме не докладывают какого-то мяса и он мучительно ждёт таймаутов.
НС не занимается распределением продуктов при обслуживании https. Он только шлангу прокладывает между львом и корытом и сообщает льву: шланга в твоем корыте. Дальше они уже сами.