Чтобы обнулить DNS-кэш, нужно закрыть HC, удалить файлы DNSCache.dat и DNSCache.BAK, запустить HC.
Так и сделал.
В следующей версии я добавлю опцию Только запись. В этом режиме данные из кэша читаться не будут, а обновляться будут. В случае проблемы можно временно включить этот режим. Когда данные обновятся, можно вернуться в обычный режим.
Еще лучше. Спасибо!