Могут возникать ситуации, когда нам список Н запретить нужно, а dont_update - нет?
Да. Скрипты более гибкий инструмент. Например, если нельзя не обновлять по URL, то вполне можно скриптом не обновлять "по размеру", т.к. проверка размера в большинстве случаев позволит не просмотреть изменение файла на сервере.
Поэтому связывать галку Н с dont_update без права выбора, имхо, не правильно. Это ограничит гибкость скриптов.
У меня есть другое предложение: добавить в "Белый список" колонку "Скрипты", где отдельной галкой можно будет отменять проверку всех скриптов для нужных URL.