Настройки НС хранятся в файле HandyCache.ini, а списки в файлах с расширением lst. Также имеются по две резервные копии каждого файла списка (файлы с расширениями lso и lsb). Если файл списка пуст или его нет, то используются резервные копии.
Во время работы НС файлы с настройками НС не читает и не переписывает, текщие настрйки сохраняются только при закрытии НС. Поэтому НС не может в принципе удалить свои настройки при внезапном отключении питания. Да еще и все сразу.
Проверьте в каком состоянии находятся файлы настроек НС. Скорее всего настройки удаляет какой-то другой софт.